Die zunehmende Entfremdung im Spätmittelalter führte 1519 zu einem antijüdischen Fanal: Als der Kaiser starb und damit den Juden keinen Schutz mehr bot, nutzten Stadtrat und Bürgerschaft die Gelegenheit, sich der Juden zu entledigen: Sie wurden vertrieben, ihr Friedhof geschändet, ihre Synagoge zerstört.

Bereits um das Jahr 1000 waren jüdische Bürger in Regensburg fester Teil der Stadtbevölkerung. Sie waren als Händler und Finanziers integriert. Im Laufe der Jahrhunderte wandelte sich diese Akzeptanz - mit Ausnahmen – in Misstrauen und Unmut. Nach zahlreichen Pogromen und Prozessen gipfelte diese Entwicklung in der Vertreibung der Juden 1519.

In Regensburg befindet sich die älteste Judengemeinde Bayerns. Im Früh- und Hochmittelalter stellte die jüdische Gemeinde Regensburg eine der bedeutendsten in Deutschland dar, denn sie war das Zentrum jüdischer Gelehrsamkeit und deswegen weit über die Stadt hinaus, in ganz Europa, bekannt.